針對H5N2及H5N6禽流感疫情，臺南市政府積極投入防疫工作，加強資訊的公開與透明，目前市府全球資訊網設有「禽流感專區」揭露疫情資訊及防疫作為，並將相關應變措施以開放資料形式上架至本府資料開放平台，歡迎各界連結取用。
臺南市目前4場檢出高病原性禽場均已完成撲殺、消毒工作，分別是本月12日六甲區火雞場之首例確認為H5N2及H5N6陽性禽流感疫情、18及19日分別於下營區一火雞場及蛋雞場各確診高病原性H5N2禽流感；動保處均已依規定完成撲殺及消毒工作與周圍採樣；另善化一蛋種雞場則由農委會動植物防檢局完成撲殺及消毒，動保處並在四禽場週邊1~5公里展開採樣監測工作，共採樣60禽場，56場為陰性，4場尚在檢驗中。
動保處表示，為避免疫情擴散，賴市長指示動員公所人力，力求加速清查，市府於17至20日四天內完成本市所有養禽場共1,175場之調查，訪視結果均無異常狀況；禽場周邊消毒部份，至22日止共在32個行政區消毒了1,000處，消毒面積共計936,181平方公尺，並提供消毒藥劑給禽場加強防疫消毒工作，另五個行政區因沒有養禽場故未列入；衛生局於2月19日前監控健康監控16人，全數均健康狀況良好。
野鳥及丟棄家禽送檢共計野鳥5件（目前檢出陽性2例）、丟棄家禽5件（目前檢出陽性1例為低病原），亦皆於採檢地點周圍完成防疫消毒工作。
為避免此次高病原性的H5N2及H5N6禽流感疫情造成市民恐慌，臺南市政府於2月12日召開動物疫災緊急應變會議，提高防疫層級為一級開設嚴陣以待，第一線人員辛勤進行防疫外，賴清德市長並指示以開放資料強化管理、做好預防，讓市民充份瞭解市府的防疫作為。
研究發展考核委員會表示，104年市府首度以開放資料集搭配時間地圖，讓市民瞭解禽流感疫情及防疫始末，此次禽流感疫情亦開放資料集提供外界取用，目前資料開放欄位包括撲殺禽場之經緯度、病毒種類及撲殺數量等，臺南市政府會持續積極加強資訊的公開與透明，讓市民充份瞭解市府的防疫作為。
動保處也再次呼籲，禽流感防疫期間，民眾應避免接觸及餵食禽鳥，賞鳥時保持適當距離，如碰觸禽鳥後應確實洗手保持清潔，選購屠宰衛生合格禽肉，不生食禽肉或蛋類，做好自我防護。