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民國99年12月25日台南縣、市政府合併升格為台南直轄市,經市府組織重新調整後,由原「台南縣政府行政管理處」下設二級機關資訊中心及原「台南市政府行政管理及法制處」下設二級單位資訊科,新成立為「台南市政府研究發展考核委員會」下設二級機關-資訊中心,並於底下分設規劃設計組及系統維護組二組。
106年11月1日,為使資訊智慧化元素成為本市市政推動之利基策略,強化機關間橫向協調及資源共享,資訊中心改制成立「智慧發展中心」,下設數位創新組、資訊管理組、智慧應用組三組。